世界首款，重庆造！
人民网重庆4月22日电(刘政宁、周小平)4月21日，西部(重庆)科学城消息，科学城种质创制大科学中心的柑橘团队、国家柑橘品种改良中心研制的首款柑橘液相育种芯片——橘芯1号，近期获得国家发明专利授权。“橘芯1号”是世界首款柑橘液相育种芯片，填补了国内外空白。
育种芯片是生物育种体系中种质资源基因型检测的重要工具，与我们常说的手机、电脑芯片不同，它可以快速识别与优良性状相关联的基因或标记，在农作物遗传改良与育种研究中发挥重要作用。然而，此前我国尚无成熟的柑橘基因分型芯片。要提高柑橘育种效率、加快柑橘育种进程，开发一款经济、高效的基因分型芯片十分必要。
为此，柑橘团队陈善春、何永睿和李强等研究人员，以国家柑橘种质资源圃300多个代表性柑橘品种为材料进行深度重测序，筛选出4万余个核心SNP(单核苷酸多态性)位点。同时，加入数千个与柑橘重要性状紧密关联的SNP位点，利用靶向捕获技术，开发出柑橘全基因组40K液相育种芯片“橘芯1号”。
“橘芯1号”柑橘液相育种芯片。受访者供图
“由于柑橘多年生、童期长，加之遗传背景杂合、某些品种间杂交不亲和等原因，用传统方式育种，若想得到一个优良品种的种质资源需要30年以上。”李强介绍。
育种芯片为构建包括柑橘全基因组选择育种在内的柑橘生物育种平台奠定坚实的基础，它具有分子精准化设计、高通量、低成本、智慧化等特点，可显著提高柑橘育种效率，大幅度缩短育种周期。
“‘橘芯1号’液相育种芯片的位点检出率大于96%，能够针对同一个SNP位点进行多次检测，变异位点鉴定的准确性相比传统的固相芯片更高；同时，液相育种芯片的基因分型成本仅为传统固相芯片的十分之一。”李强介绍。
柑橘团队实验室。受访单位供图
“橘芯1号”的最大优势就在于，能够低成本、高通量地进行柑橘基因分型，进一步为资源鉴定、全基因组关联、遗传分析等提供基因组学资源。应用场景也更多，比如，鉴定种质资源的基因型，并全基因组关联分析，获取重要性状关联的分子标记和功能基因，用于分子标记分子育种和分子育种；鉴定种质资源的基因型，建立全基因组选择模型，用于全基因组选择育种；对种质资源材料进行精准的基因型鉴定，用于种质资源鉴定和遗传多样性分析。
“中国是世界柑橘种植大国，柑橘园面积及柑橘产量常年稳居世界首位，未来，这款芯片在培育高产、优质的柑橘新品种方面将具有巨大的应用前景。”李强说。